Cơ quan trực thuộc

• Văn phòng[4]
• Thanh tra[5]
• Phòng Tài chính
• Phòng Khoa học Quân sự
• Phòng Thông tin Khoa học quân sự
• Phòng Điều tra hình sự
• Phòng Thi hành án dân sự
• Phòng Cứu hộ cứu nạn
• Phòng Kinh tế
• Tòa án Quân sự Quân khu 5
• Viện Kiểm sát Quân sự Quân khu 5

Bộ Tham mưu[6]

• Tham mưu trưởngː Đại tá Lê Ngọc Hải
• Phó Tham mưu trưởngː Thiếu tướng Trương Hồng Quang
• Phó Tham mưu trưởngː Đại tá Tống Phú
• Phó Tham mưu trưởngː Đại tá Đoàn Văn Tâm
• Phó Tham mưu trưởngː Đại tá Trương Quang Nhạn

Cục Chính trị[7]

• Chủ nhiệm: Thiếu tướng Võ Văn Hưng
• Phó Chủ nhiệm: Thiếu tướng Hà Huy Long
• Phó Chủ nhiệm: Đại tá Đoàn Văn Nhất
• Phó Chủ nhiệm: Đại tá Dương Hoàng Toán

Cục Hậu cần[8]

• Chủ nhiệm: Đại tá Ngô Tiến Sỹ
• Chính uỷ: Đại tá Nguyễn Thanh Xuân

Cục Kỹ thuật[9]

• Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Ngọc Bâng
• Chính ủy: Đại tá Nguyễn Văn Khánh

Đơn vị trực thuộc Quân khu

• Bộ Chỉ huy quân sự thành phố Đà Nẵng
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Quảng Nam
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Quảng Ngãi
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Bình Định
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Phú Yên
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Khánh Hoà
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Kon Tum
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Gia Lai
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Đắk Lắk
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Đắk Nông
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Ninh Thuận
• Sư đoàn Bộ Binh 2[10]
• Sư đoàn Bộ Binh 305[11]
• Sư đoàn Bộ Binh 315[12]
• Sư đoàn Bộ Binh 307[13]
• Lữ đoàn Pháo Binh 572[14]
• Lữ đoàn Pháo Binh 368[15]
• Lữ đoàn Công Binh 270[16]
• Lữ đoàn Công Binh 280[17]
• Lữ đoàn Thông tin 575[18]
• Lữ đoàn Tăng Thiết Giáp 574[19]
• Lữ đoàn Phòng Không 573[20]
• Trường Quân sự quân khu 5[21]
• Trường Cao đẳng nghề số 5[22]
• Đoàn KTQP 206[23]
• Đoàn KTQP 516
• Công ty Cà phê 15[24]
• Công ty Đầu tư xây dựng Vạn Tường[25] Đoàn Kinh tế quốc phòng 737 (Ea Súp, Đắk Lắk).

Đơn vị trực thuộc Cục

• Tiểu đoàn Đặc Công 409, Bộ Tham mưu[26]
• Tiểu đoàn Phòng Hóa 78, Bộ Tham mưu[27]
• Tiểu đoàn Trinh Sát 32, Bộ Tham mưu[28]
• Tiểu đoàn Vệ Binh 8, Bộ Tham mưu[29]
• Tiểu đoàn Tác Chiến Điện Tử 97, Bộ Tham mưu
• Xưởng Công Binh X340, Bộ Tham mưu[30]
• Trại Giam Khu Vực Miền Trung (T10), Bộ Tham mưu
• Trại Tạm Giam B14, Bộ Tham mưu
• Báo Quân khu 5, Cục Chính trị[31]
• Bảo tàng Quân khu 5, Cục Chính trị[32]
• Xưởng in Quân khu 5, Cục Chính trị[33]
• Bệnh viện Quân y 13, Cục Hậu cần[34]
• Bệnh viện Quân y 17, Cục Hậu cần[35]
• Tiểu đoàn 6, Cục Hậu cần[36]
• Kho K52, Cục Kỹ thuật[37]
• Kho K55, Cục Kỹ thuật[38]
• Xưởng Ô tô X387, Cục Kỹ thuật[39]
• Xưởng Thông tin